星际争霸的故事主线就是星际争霸的宇宙历史(the history of the StarCraft universe)。 同许多同类游戏一样，星际争霸为玩家预设了一系列与计算机对阵的作战任务。 这些预设的作战任务通常会从介绍任务开始；并且会越来越具有挑战性。

这些战争发生在一个虚构宇宙时空中，期间，战斗结束又会导入下一场战斗。 不像以前的一些暴雪公司的游戏，星际争霸不会随玩家对种族的选择而使战争历史发生重大变化，而是服从于一个更大的时间主线。 此外，相对于很多其它的视频游戏，星际争霸的故事背景要远为详细和复杂， 包括对悲剧和英雄主角的个人经历地描绘，并在专业科幻作家和艺术家的帮助下为它赋予了一个完整的戏剧深度。 星际争霸中的战争在此以"集"来编号，与星球大战系列电影相似。

除了游戏中的任务本身，其它支持游戏能在此宇宙背景下发展的的视频短片、文字故事、描述，暴雪公司已授权给了一些独立的小说家，授权也涵盖了星际争霸游戏外延的故事。 星际争霸迷还提供了更多的战争和历史的评注，但这些不被视为经典，不在此做讨论。

星际争霸凸显了三种特质的竞争：叛变的人类 terrans，崇尚精神的神族 protoss 和恐怖的虫族 zerg。 故事涵盖了这三种特质的竞赛、其领袖的命运、对那个银河系偏远地带主导地位的争夺。 通常来说，玩家的努力会在一个小插曲上得到收获，但绝不会完全征服其他种族。